Zuur helpt eiwit verteren door het stimuleren van de pepsineproductie. Pepsine is een enzym dat nodig is voor een optimaal begin van de vertering van eiwit. Tijdens de inname van voedsel prikkelt de afscheiding van maagzuur de productie van pepsine. Wanneer de zuurspiegels laag zijn, zijn pepsinespiegels dat ook.
Als gevolg daarvan worden eiwitten niet afgebroken in hun component aminozuren en peptides (twee of meer met elkaar verbonden aminozuren). Het resulterende tekort aan vele essentiële aminozuren zoals phenylalanine en tryptofaan, evenals aan het niet-essentiële aminozuur tyrosine kan tot chronische depressiviteit, angst, slapeloosheid en andere verstorende of gevaarlijke, langdurige aandoeningen leiden.
Sommige aminozuren en andere nutriënten worden essentieel genoemd, omdat het lichaam ze niet zelf kan maken. Ze moeten uit externe bronnen, zoals voedsel en/of supplementen, worden verkregen.
Tegelijkertijd kunnen de eiwitten die ontsnappen aan de vertering door pepsine in de bloedbaan terechtkomen, iets wat normaal gesproken niet gebeurt bij een gezond spijsverteringskanaal. Het lichaam reageert in het algemeen vijandig op de aanwezigheid van vreemde eiwitten in het bloed of in andere weefsels.
De daaruit voortkomende immuunreactie lijkt op wat er gebeurt wanneer het lichaam zijn sterke afweer mobiliseert (bijvoorbeeld T-cellen, B-cellen en antistoffen) om een virale of bacteriële infectie te verwijderen. Op deze manier kan een gebrekkige spijsvertering door onze inadequate maagfunctie (en ook door een inadequate pancreasfunctie) bijdragen aan een langzame toename van voedselallergieën.
Om redenen die niet helemaal duidelijk zijn, alhoewel genetica een rol spelen, hebben mensen met auto-immuunaandoeningen, zoals lupus, reumatoïde artritis, diabetes type 1, de ziekte van Graves en vele andere ziekten, vaak lage maagzuurspiegels, een slechte spijsvertering en veel voedselallergieën, die aan de verergering van hun aandoeningen bijdragen.